Các khoa lâm sàng:

• Khoa khám bệnh đa khoa
• Khoa điều trị nội trú ban ngày
• Khoa nội
• Khoa nhi
• Khoa điều trị và chăm sóc trẻ tự kỷ
• Khoa hồi sức cấp cứu
• Khoa ngoại châm tê
• Khoa điều trị toàn diện
• Khoa Điều trị quốc tế
• Khoa hợp tác, phát triển châm cứu quốc tế
• Khoa Dưỡng sinh, xoa bóp, bấm huyệt
• Khoa Ngũ quan gồm:
  • Phòng khám và điều trị Tai Mũi Họng
  • Phòng khám và điều trị Răng Hàm Mặt
  • Phòng khám và điều trị Mắt
• Khoa điều trị và chăm sóc trẻ bại não
• Khoa điều trị liệt vận động ngôn ngữ trẻ em
• Khoa điều trị cột sống ít xâm lấn
• Khoa lão khoa
• Khoa điều trị rối loạn giấc ngủ, trí nhớ
• Khoa khám chữa bệnh theo yêu cầu
• Khoa dinh dưỡng tiết chế
• Khoa nam học
• Khoa đột quỵ phục hồi chức năng

Các khoa cận lâm sàng:

• Khoa xét nghiệm
• Khoa thăm dò chức năng
• Khoa chẩn đoán hình ảnh
• Khoa kiểm soát nhiễm khuẩn
• Khoa dược

Các trung tâm:

• Trung tâm đào tạo và chỉ đạo tuyến
• Trung tâm kỹ thuật cao châm cứu Việt Nam
• Trung tâm nghiên cứu điều trị cai nghiện ma túy bằng châm cứu